2044年的纽约，大反派朗格勾结外星恶势力试图毁灭地球，大量外星人通过神秘传送门入侵，将城市化为灰烬。忍者神龟们虽负隅顽抗仍不敌敌人攻势，死伤惨重。怀抱着忍者最强武器——希望，忍者神龟们决定回到过去时空，找到开启传送门的钥匙，阻止朗格，恢复世界和平。莱昂纳多的弟子凯西肩负起这一使命，他在过去时空与女记者艾普奥尼尔成功接头，并和忍者神龟莱昂纳多、米开朗基罗、拉斐尔、多纳泰罗汇合，开启了拯救世界的行动。“我们的未来，我们自己做主”，忍者神龟们向朗格发起了终极挑战。
在这一季里，超级飞侠们都升级成为了愿望守护者 。 在新的一季中，超级飞侠们将摇身一变成为勇敢的愿望守护者，他们不仅拥有酷炫的新装备，同时每个超级飞侠都拥有不同属性的能量球。 在遇到困难需要帮助时，呼叫愿望守护者，启动愿望守护者程序，超级飞侠会带着不同的能量球，启动能量球，加入愿望守护，共同解决面临的阻碍与困难。 愿望能量球可以给超级飞侠和孩子们相同的强大力量去武装来完成伟大的事情，每个愿望能量球蕴含来自于我们身边的自然世界中不同的超强能量，它们是旋风、水波、大地、钢铁、动物、闪电、火焰等能量。 愿望守护者的任务是为小朋友们排忧解难帮助小朋友们实现他们的美好愿望。
“东京决战”一年后，布里塔尼亚少年鲁路修在11区（原日本国）过着平凡的学生生活。但是，鲁路修与弟弟罗洛的一次出行，遇到了黑色骑士团的余党。在与少女C.C再次结成契约之后，尘封的记忆摆在了鲁路修的面前。 身为帝国王子的鲁路修，为了建立人人平等的世界、让妹妹娜娜丽幸福的世界，而使用GEASS，令人绝对服从的力量，带领黑色骑士团向帝国宣战。带上假面化名ZERO的他，却在一年前的“东京决战”中被好友朱雀击败，被帝国皇帝抹去了记忆。 现在，恢复记忆的鲁路修不仅要面对帝国的强大军事力量，更要面对虚假的弟弟罗洛、失踪的妹妹娜娜丽、不知敌友的中华联盟、内部出现分歧的黑色骑士团。面对内忧外患，鲁路修走上了GEASS之力的诅咒——孤独的王之路。
